Hoewel wordt aangenomen dat exorcisme een middeleeuwse praktijk is die alleen nog in horrorfilms wordt vertoond, blijft het ritueel in de katholieke kerk leven. Pater Gabriele Amorth is een overleden priester en diende als de belangrijkste duiveluitdrijver van het Vaticaan. Hij diende 60 jaar en er wordt aangenomen dat hij ongeveer 160.000 uitdrijvingen heeft uitgevoerd. Het exorcisme-ritueel werd echter niet alleen uitgevoerd door de overleden hoofdexorcist. Het is door de jaren heen door verschillende pausen toegepast. In 2018 meldde de BBC dat het Vaticaan 250 priesters van over de hele wereld verwelkomde voor een jaarlijkse workshop.
Nadat de geallieerden met hun overwinning in Duitsland een einde maakten aan de Tweede Wereldoorlog, werden de nazi's gedwongen hun toevlucht te zoeken buiten Europa. Duizenden nazi's wisten te ontsnappen naar Zuid-Amerikaanse landen, met name Argentinië, Chili en Brazilië.
Harvard-onderzoeker Gerald Steinacher schreef een boek met reisdocumenten die erop wijzen dat het Vaticaan de nazi's heeft geholpen om naar deze landen te reizen. Steinacher stelt dat het Vaticaan dit deed met de hoop het Europese christendom nieuw leven in te blazen en uit angst voor de groeiende invloed van de Sovjet-Unie. Het Vaticaan heeft echter altijd geweigerd commentaar te geven op deze beweringen.
Naast het helpen ontsnappen van duizenden nazi's uit Europa, was het Vaticaan ook betrokken bij het smokkelen van door de nazi's geroofde kunst en andere eigendommen van joodse families.
Gerald Posner, een Amerikaanse journalist, zegt dat Bernardino Nogara, de financieel adviseur van het Vaticaan, een van de nazi-spionnen was. Hij zou een gruwelijk plan hebben opgezet waardoor het Vaticaan geld kon investeren in Italiaanse verzekeringsmaatschappijen die de geldsommen van de levensverzekeringsplannen van de vermoorde Joodse families achterhielden. Aangezien het Vaticaan een investeerder was en geen directe verzekeraar hoefden ze niets van het geld terug te geven dat met de regeling was verdiend.
De Vaticaanse Bank, ook wel het Instituut voor Religieuze Werken (IOR)) genoemd, is bij talrijke schandalen betrokken geweest.
Het meest controversiële is hun omgang met Hitler. Gerald Posner, een historicus, wijst erop dat het Vaticaan elk jaar kerkbelasting van Hitler ontving.
Er is een aanzienlijk geldbedrag betaald aan de IOR, zodat het niet kan worden gevolgd door westerse banken. De IOR werd gebruikt om miljarden dollars op te slaan, waarvan de details nooit publiekelijk zijn onthuld.
In 2012 verscheen een boek met de naam 'His Holiness', dat gebaseerd is op de gelekte geheime papieren van paus Benedictus. De privé-documenten werden gelekt door Benedictus XVI's eigen butler aan de auteur, Gianluigi Nuzzi.
Na bestudering van deze documenten is een intern onderzoek ingesteld. Uit het onderzoek bleek dat personen die niet tot het Vaticaan behoorden homobisschoppen chanteerden omdat ze hun celibaatsgelofte hadden verbroken. Paus Benedictus XVI nam in 2013 ontslag uit het pausdom vanwege dit schandaal.
De Apostolische Penitentiairie is een geheime rechtbank die onderzoek doet naar zogenaamde ‘gruwelijke’ misdaden van individuen. Het werd vermoedelijk opgericht in 1179 en geheim gehouden tot 2009. Alleen de paus kan absolutie verlenen aan mensen die naar dit tribunaal zijn gebracht. Voorbeelden van zonden zijn onder meer een poging om de paus te vermoorden, een priester die de zonde of identiteit onthult van een persoon die de biecht heeft afgelegd, etc. De paus treedt op als het hoofd van dit tribunaal, en wordt de kardinaal-grootpenitentiarius genoemd. Hij kan ofwel absolutie verlenen, ofwel de automatische excommunicatie in stand houden.
In 897 na Christus berecht de katholieke kerk een dode man. Het postume proces tegen paus Formosus, bekend als de 'Kadaversynode', werd gehouden door paus Stefanus VI, zijn opvolger. Formosus werd beschuldigd van het toe-eigenen van het pausdom, ondanks dat hij op dat moment al 7 maanden dood was. Het lichaam van de paus werd opgegraven, gekleed in kerkelijke kleding, en ter beoordeling naar het pauselijke hof gebracht. Er werd zelfs een diaken aangesteld om namens de overleden paus te spreken. Hij werd schuldig bevonden en al zijn daden als paus werden nietig verklaard. Zijn lichaam werd van de kleding ontdaan en in lompen gehuld. Zijn drie zegenende vingers werden afgesneden en zijn lichaam werd in de rivier de Tiber geworpen, waar de oude Romeinen eeuwenlang hun beruchte criminelen dumpten.
Er zijn berichten dat de archieven communicatie bevatten tussen keizer Nero en Sint-Paulus over het bestaan van Jezus. Sommige complottheoretici geloven dat het Vaticaan het bewijs verbergt dat Jezus Christus niet heeft bestaan.
Geruchten suggereren dat het Vaticaan bewijs heeft voor het bestaan van buitenaards leven, in de vorm van buitenaardse schedels. Sommige bronnen zeggen dat de archieven bewijzen bevatten dat de paus samenzweert met buitenaardse wezens om iedereen op aarde computerchips te geven.
Het controversiële Derde Geheim van Fatima wordt beschouwd als een geheim document dat verborgen is in de archieven. In 1917 ontvingen drie kinderen uit Portugal toekomstvoorspellingen, waarvan er één door duizenden mensen werd bijgewoond. De veronderstelde onderdrukking van dit Derde Geheim wakkerde geruchten aan dat de inhoud ervan betrekking had op een nucleaire holocaust, natuurramp, etc. De publicatie van de inhoud van dit geheim in 2000 deed niet veel om de speculatie de kop in te drukken.
Sommige complottheoretici geloven dat de Vaticaanse archieven de grootste verzameling pornografie ter wereld bevatten. Het Eroticamuseum in Kopenhagen bevestigt deze speculaties, naast artikelen van de oprichter van National Review, William Buckley Jr, en geleerde Camilla Paglia.
Sommige mensen geloven dat ondanks hun ontbinding in de middeleeuwen, de Illuminati zichzelf alleen maar sterker heeft opgebouwd, met haar leden in enkele van de machtigste posities over de hele wereld. Een zo'n machtige positie is het Vaticaan, waarvan wordt aangenomen dat veel van zijn prominente leden deel uitmaken van de Illuminati.
De Chronovisor, die vermoedelijk is gebouwd door een Italiaanse wetenschapper en priester, pater Pellegrino Maria Ernetti, is een apparaat waarmee mensen de toekomst en het verleden kunnen zien. Hoewel er geen gegevens van een dergelijk apparaat zijn, denken sommige mensen dat het ergens in de archieven verborgen is.