Embora se acredite que o exorcismo seja uma prática vista apenas em filmes de terror e seja a Idade Média, a prática continua viva na Igreja Católica. O padre Gabriele Amorth é um padre falecido e serviu como o exorcista-chefe do Vaticano. Ele serviu por 60 anos, e acredita-se que tenha realizado aproximadamente 160.000 exorcismos. O rito do exorcismo, entretanto, não se limita apenas ao exorcista-chefe falecido. Ele tem sido realizado por vários Papas ao longo dos anos. Em 2018, a BBC informou que o Vaticano recebeu 250 padres de todo o mundo em um seminário anual.
Após a vitória das Forças Aliadas na Alemanha para pôr fim à Segunda Guerra Mundial, os nazistas foram forçados a buscar refúgio fora da Europa. Milhares de nazistas conseguiram escapar para países da América do Sul, especificamente Argentina, Chile e Brasil.
O pesquisador de Harvard Gerald Steinacher escreveu um livro que mostra documentos de viagem que apontam que o Vaticano ajudou os nazistas a viajar para esses países. Steinacher argumenta que isso foi feito com a esperança de reavivar o cristianismo europeu e o medo da crescente influência da União Soviética. O Vaticano, no entanto, recusou-se a comentar estas alegações.
Além de ajudar na fuga de milhares de nazistas da Europa, o Vaticano também estava envolvido em ajudar no contrabando de arte nazista saqueada e outras propriedades pertencentes a famílias judaicas.
Gerald Posner, jornalista americano, diz que Bernardino Nogara, o consultor financeiro do Vaticano, é considerado um dos espiões nazistas. Acredita-se que ele tenha instituído um esquema horripilante que permitiu ao Vaticano investir dinheiro em seguradoras italianas que mantiveram os bens dos planos de seguro de vida das famílias judaicas assassinadas. Como o Vaticano era um investidor e não uma seguradora direta, eles não precisavam devolver nenhum do dinheiro ganho com o esquema.
O Banco do Vaticano, também chamado Instituto para as Obras Religiosas (IOR), tem estado envolvido em numerosos escândalos.
O mais controverso é a forma como lidam com Hitler. Gerald Posner, um historiador, aponta que o Vaticano recebe anualmente o Imposto da Igreja de Hitler.
Uma quantia substancial de dinheiro foi paga à IOR, de modo que não pode ser rastreada pelos bancos ocidentais. A IOR foi usada para armazenar bilhões de dólares, cujos detalhes nunca foram revelados publicamente.
Um livro chamado "Sua Santidade" foi lançado em 2012, que se baseia nos documentos secretos vazados do Papa Bento XVI. Os documentos privados foram divulgados pelo próprio mordomo de Bento XVI ao autor, Gianluigi Nuzzi.
Após a revisão destes documentos, foi realizada uma investigação interna. A investigação revelou que indivíduos que não eram do Vaticano estavam chantageando bispos gays desde que haviam quebrado seus votos de celibato. O Papa Bento CVI renunciou ao Papado em 2013 devido a este escândalo.
A Penitenciária Apostólica é um tribunal secreto que investiga os chamados crimes "hediondos" de indivíduos. Foi supostamente encontrado em 1179, e foi mantido em segredo até 2009. Somente o Papa pode conceder a absolvição às pessoas trazidas a este tribunal. Exemplos de pecados incluem a tentativa de assassinar o papa, um padre expondo o pecado ou a identidade de uma pessoa que se confessou a elas, e assim por diante. O papa atua como chefe deste tribunal, e é chamado de Penitenciária Maior, e pode oferecer a absolvição, ou deixar a excomunhão automática permanecer.
Em 897 d.C., a Igreja Católica colocou um homem morto em julgamento. Conhecido como o "Sínodo dos Cadáveres", o julgamento póstumo do Papa Formoso foi realizado pelo Papa Estêvão VI, seu sucessor. Formosus foi acusado de usurpar o papado, apesar de estar morto há 7 meses por essa altura. O corpo do papa foi exumado, vestido com trajes eclesiásticos, e levado ao tribunal papal para julgamento. Um diácono foi até mesmo nomeado para falar em nome do Papa morto. Ele foi considerado culpado; todos os seus atos como papa foram declarados nulos; seu corpo foi despido das vestes e vestido com trapos; seus três dedos de bênção foram cortados e seu corpo foi lançado no rio Tibre, onde antigos romanos descartaram seus infames criminosos por séculos.
Há relatos de que os arquivos contêm comunicação entre o Imperador Nero e São Paulo a respeito da existência de Jesus. Alguns teóricos da conspiração acreditam que o Vaticano está escondendo provas de que Jesus Cristo não existiu.
Rumores sugerem que o Vaticano possui provas da existência de vida extraterrestre, sob a forma de crânios extraterrestres. Algumas fontes dizem que os arquivos contêm provas de que o papa está conspirando seres extraterrestres para implantar todos na Terra com chips de computador.
Acredita-se que o controverso Terceiro Segredo de Fátima seja um documento secreto escondido dentro do arquivo. Em 1917, três crianças de Portugal receberam profecias, uma das quais foi testemunhada por milhares de pessoas. A suposta supressão deste Terceiro Segredo alimentou rumores de que seu conteúdo era sobre um holocausto nuclear, um desastre natural, e assim por diante. A divulgação do conteúdo deste Segredo em 2000 não fez muito para sufocar a especulação.
Alguns teóricos da conspiração acreditam que os arquivos do Vaticano contêm a maior coleção de pornografia do mundo. O Museu Erótico de Copenhague confirma estas especulações, além dos escritos do fundador da National Review, William Buckley Jr, e da acadêmica Camilla Paglia.
Algumas pessoas acreditam que, apesar de sua dispersão na época medieval, os Illuminati só se construíram a si mesmos, com seus membros colocados em algumas das posições mais poderosas em todo o mundo. Um desses poderosos escritórios é o Vaticano, onde muitos de seus membros proeminentes são acreditados como parte dos Illuminati.
Acredita-se que tenha sido construído por um cientista e padre italiano, Padre Pellegrino Maria Ernetti, o Chronovisor é um dispositivo que aparentemente permite que as pessoas vejam o futuro e o passado. Embora não haja registro de tal dispositivo, algumas pessoas acreditam que ele esteja escondido em algum lugar nos arquivos.
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